Rozpatrywanie hipertekstu w perspektywie kognitywistycznej prowadzi do uznania go za nie tylko medium tekstowe, ale także za model działania umysłu i jego możliwą protezę. W ujęciu węższym, bliskim klasycznej kognitywistyce, hipertekst postrzega się jako strukturę odzwierciedlającą wybrane właściwości funkcjonowania poznawczego człowieka: sieciowość skojarzeń, nielinearność przetwarzania informacji, modularność pamięci, fragmentaryczność reprezentacji wiedzy, interaktywność uwagi. Każdy wybór ścieżki lektury, każda decyzja użytkownika w przestrzeni hipertekstu odpowiadać może mikrodecyzjom podejmowanym w toku realnych procesów myślowych – selekcji danych, priorytetyzacji wątków, przechodzeniu od jednych reprezentacji poznawczych do innych. Hipertekst jako narzędzie i środowisko tekstowe pełni w tym modelu funkcję poznawczej protezy – nie zastępuje umysłu, ale rozszerza jego zdolności operacyjne, oferując sposób organizacji i eksploracji informacji bliższy naturalnym mechanizmom percepcyjnym i pamięciowym człowieka niż struktura linearnego tekstu drukowanego. Memex Vannevara Busha jest realizacją takiego właśnie protetycznego podejścia do hipertekstu.

W szerszym sensie jednak, powiązania między umysłem a hipertekstem sięgają znacznie głębiej, w kierunku interdyscyplinarnych modeli świadomości, które łączą refleksję filozoficzną, literacką i duchową. Michael Joyce – autor jednej z pierwszych powieści hipertekstowych popołudnie, pewna historia oraz esejów zebranych w Of Two Minds – zaproponował, by traktować hipertekst nie tylko jako narzędzie modelujące umysł, lecz jako poetykę samego umysłu – przestrzeń, w której myśli, znaczenia i obrazy pojawiają się, zanikają i są rekonfigurowane w zależności od punktu percepcyjnego. To myślenie koresponduje z buddyjskimi koncepcjami umysłu, zwłaszcza w tradycji Mahamudry i Zen, gdzie umysł nie jest ani tożsamy z mózgiem, ani z wewnętrzną treścią świadomości, lecz rozumiany jest jako otwarta przestrzeń, w której rozgrywają się zjawiska – myśli, uczucia, percepcje – bez trwałej substancji czy lokalizacji. W tym ujęciu hipertekst staje się metaforą tej przestrzeni: pozbawionej centrum, wielokierunkowej, płynnej, nieustannie rekonfigurowanej przez doświadczenie.

W tym duchu Joyce określa hipertekst jako „strukturę tego, co właśnie powstaje” – dynamiczną, procesualną, niezamkniętą. Tak rozumiany hipertekst nie tyle imituje umysł, co uczestniczy w jego kształtowaniu – jako środowisko poznawcze, które nieustannie konstruuje się w relacji do czytelnika-użytkownika. Podobne rozumienie znajdziemy u Espena Aarsetha, który w Cybertext: Perspectives on Ergodic Literature proponuje pojęcie „pola zdarzeń” – przestrzeni tekstowej, w której interakcja (czyli właśnie działanie użytkownika) staje się warunkiem zaistnienia znaczenia. Aarseth wskazuje, że każdy tekst interaktywny – hipertekst, gra komputerowa, symulacja – generuje nie tekst stały, lecz strukturę potencjalnych możliwości, które aktualizują się tylko poprzez zaangażowanie użytkownika. To podejście radykalnie odcina hipertekst od pojęcia tekstu jako „dzieła” i wprowadza go do ekologii interakcji – świata dynamicznych relacji między percepcją, decyzją i strukturą.

Z tej perspektywy hipertekst staje się nie tyle narzędziem prezentacji wiedzy, co matrycą doświadczenia poznawczego – środowiskiem, w którym użytkownik może zbliżyć się do własnych procesów myślowych, uświadomić sobie ich fragmentaryczność, zapętlenia, zderzenia i uprzedzenia. Innymi słowy: hipertekst nie tylko „symuluje” umysł, ale wystawia go na widok, pokazując mechanizmy jego działania w czasie rzeczywistym, w środowisku nieprzewidywalnym i częściowo zaprogramowanym – czyli takim, jakim jest życie umysłowe.